O Conselho Superior (Consup) é um órgão consultivo e deliberativo da Faculdade São Marcos. É composto por representantes da comunidade interna e externa (docentes, discentes, técnico-administrativos e diretores), eleitos por seus pares, e de segmentos ligados à educação profissional e tecnológica, tendo diretor como seu presidente.
De acordo com o Estatuto, os conselheiros se reúnem a cada 3 meses e tratam de assuntos relativos a políticas institucionais, proposta orçamentária, prestação de contas, entre outras competências.